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"herbarios"
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Ex situ collections and their potential for the restoration of extinct plants
by
Dalrymple, Sarah
,
Rossi, Graziano
,
Abeli, Thomas
in
bancos de semillas
,
Biodiversity
,
Biodiversity loss
2020
The alarming current and predicted species extinction rates have galvanized conservationists in their efforts to avoid future biodiversity losses, but for species extinct in the wild, few options exist. We posed the questions, can these species be restored, and, if so, what role can ex situ plant collections (i.e., botanic gardens, germplasm banks, herbaria) play in the recovery of plant genetic diversity? We reviewed the relevant literature to assess the feasibility of recovering lost plant genetic diversity with using ex situ material and the probability of survival of subsequent translocations. Thirteen attempts to recover species extinct in the wild were found, most of which used material preserved in botanic gardens (12) and seed banks (2). One case of a locally extirpated population was recovered from herbarium material. Eight (60%) of these cases were successful or partially successful translocations of the focal species or population; the other 5 failed or it was too early to determine the outcome. Limiting factors of the use of ex situ source material for the restoration of plant genetic diversity in the wild include the scarcity of source material, low viability and reduced longevity of the material, low genetic variation, lack of evolution (especially for material stored in germplasm banks and herbaria), and socioeconomic factors. However, modern collecting practices present opportunities for plant conservation, such as improved collecting protocols and improved cultivation and storage conditions. Our findings suggest that all types of ex situ collections may contribute effectively to plant species conservation if their use is informed by a thorough understanding of the aforementioned problems. We conclude that the recovery of plant species currently classified as extinct in the wild is not 100% successful, and the possibility of successful reintroduction should not be used to justify insufficient in situ conservation.
Las alarmantes tasas de extinción actuales y pronosticadas han incitado a los conservacionistas a esforzarse paraevitar las futuras pérdidas de biodiversidad, pero para las especies que ya se encuentran extintas en vida silvestre existen pocas opciones. Nos preguntamos si estas especies pueden ser restauradas, y de ser así, qué papel pueden desempeñar las colecciones ex situ de plantas (es decir, jardines botánicos, bancos de germoplasma, herbarios) en la recuperación de la diversidad genética de las plantas. Revisamos la literatura relevante para evaluar la factibilidad de la recuperación de la diversidad genética perdida y la probabilidad de supervivencia subsecuente de las reubicaciones. Encontramos 13 intentos por recuperar especies extintas en vida silvestre, la mayoría de los cuales usó material preservado en jardines botánicos (12) y en bancos de semillas (2). También hubo un caso de una población eliminada localmente que fue recuperada con material de un herbario. Ocho (60%) de estos casos fueron reubicaciones exitosas o parcialmente exitosas de la especie o población focal; los otros cinco fallaron o era demasiado pronto para poder determinar el resultado. Los factores que limitan el uso de material proveniente de colecciones ex situ para la restauración de la diversidad genética de las plantas en vida silvestre incluyen la escasez de material original, la baja viabilidad y la longevidad reducida del material, la baja variación genética, la falta de evolución (especialmente para el material almacenado en herbarios y bancos de germoplasma) y los factores socioeconómicos. A pesarde esto, las prácticas modernas de colección representanuna oportunidad para la conservación de las plantas, como los protocolos mejorados de recolección y las condiciones acrecentadas de cultivo y almacenamiento. Nuestros hallazgos sugieren que todos los tipos de colecciones ex situ pueden contribuir efectivamente a la conservación de especies de plantas si su uso está respaldado por un entendimiento a fondo de los problemas antes mencionados. Concluimos que la recuperación de especies de plantas que actualmente están clasificadas como extintas en vida silvestre no es 100% exitosa y que la posibilidad de una reintroducción exitosa no debería utilizarse para justificar una conservación in situ insuficiente.
Journal Article
Enhancement of conservation knowledge through increased access to botanical information
by
Weech, Marie-Hélène
,
Milliken, William
,
Phillips, Sarah
in
Brasil
,
Brazil
,
colecciones de historia natural
2019
Herbarium specimens are increasingly recognized as an important resource for conservation science and virtual herbaria are making specimens freely available to a wider range of users than ever before. Few virtual herbaria are designed with conservation use as a primary driver. Exceptionally, Brazil’s Reflora Virtual Herbarium (RVH) was created to increase knowledge and conservation of the Brazilian flora. The RVH is closely integrated with the Flora of Brazil 2020 platform on which Brazil’s new national Flora is under construction. Both resources are accessible via the Reflora home page and thousands of users move seamlessly between these Reflora resources. To understand how the Reflora resources are currently used and their impact on conservation science, we conducted a literature review and an online survey. We searched for publications of studies in which Reflora resources were used and publications resulting from Brazilian researchers who were part of Reflora’s research and mobility program. The survey contained multiple choice questions and questions that required a written response. We targeted Reflora webpage visitors with the survey to capture a wider range of Reflora users than the literature review. Reflora resources were used for a variety of conservation-relevant purposes. Half the 806 scientific publications in which Reflora was cited and 81% of the 1069 survey respondents accessing Reflora resources mentioned conservation-relevant research outputs. Most conservation-relevant uses of the Reflora resources in scientific publications were research rather than implementation focused. The survey of Reflora users showed conservation uses and impacts of virtual herbaria were more numerous and diverse than the uses captured in the literature review. Virtual herbaria are vital resources for conservation science, but they must document use and impacts more comprehensively to ensure sustainability.
Los especímenes de los herbarios son reconocidos cada vez más como un recurso importante para la ciencia de la conservación, y, como nunca antes, los herbarios virtuales están poniendo a los especímenes a libre disposición para una gama mucho más amplia de usuarios. Pocos herbarios virtuales están diseñados con el uso para la conservación como conductor primario. Excepcionalmente, se creó el Herbario Virtual Reflora de Brasil (RVH, en inglés) para incrementar el conocimiento y la conservación de la flora brasileña. El RVH está integrado cuidadosamente con la plataforma Flora de Brasil 2020, sobre la cual está bajo construcción la nueva flora nacional de Brasil. Se accede a ambos recursos a través de la página inicial de Reflora y miles de usuarios navegan continuamente entre estos recursos de la página. Para entender cómo se usan actualmente los recursos de Reflora así como su impacto sobre la ciencia de la conservación, realizamos una revisión de la literatura y una encuesta en línea. Buscamos las publicaciones de estudios que usaron los recursos de Reflora y las publicaciones elaboradas por investigadores brasileños que formaron parte del programa de investigación y movilidad de Reflora. La encuesta incluyó preguntas de opción múltiple y preguntas que requerían una respuesta escrita. Enfocamos la encuesta en los visitantes a la página web de Reflora para obtener una gama más amplia de usuarios de Reflora que la que obtendríamos sólo con la revisión de la literatura. Los recursos de Reflora se usaron para una variedad de propósitos relevantes para la conservación. La mitad de las 806 publicaciones científicas en las que se citó a Reflora y el 81% de los 1069 encuestados que acceden a los recursos de Reflora mencionaron resultados de investigación relevantes para la conservación. La mayoría de los usos relevantes para la conservación de los recursos de Reflora en las publicaciones científicas estuvieron más enfocados en la investigación que en la implementación. La encuesta para los usuarios de Reflora mostró que los usos e impactos de los herbarios virtuales fueron más numerosos y diversos que los usos capturados en la revisión de la literatura. Los herbarios virtuales son recursos vitales para la ciencia de la conservación, pero deben documentar su uso y sus impactos exhaustivamente para asegurar su sustentabilidad.
Journal Article
Harnessing the potential of integrated systematics for conservation of taxonomically complex, megadiverse plant groups
by
Lucas, Eve J.
,
Canteiro, Cátia
,
Lughadha, Eimear M. Nic
in
Amplification
,
Animals
,
Assessments
2019
The value of natural history collections for conservation science research is increasingly recognized, despite their well-documented limitations in terms of taxonomic, geographic, and temporal coverage. Specimen-based analyses are particularly important for tropical plant groups for which field observations are scarce and potentially unreliable due to high levels of diversity-amplifying identification challenges. Specimen databases curated by specialists are rich sources of authoritatively identified, georeferenced occurrence data, and such data are urgently needed for large genera. We compared entries in a monographic database for the large Neotropical genus Myrcia in 2007 and 2017. We classified and quantified differences in specimen records over this decade and determined the potential impact of these changes on conservation assessments. We distinguished misidentifications from changes due to taxonomic remodeling and considered the effects of adding specimens and georeferences. We calculated the potential impact of each change on estimates of extent of occurrence (EOO), the most frequently used metric in extinction-risk assessments of tropical plants. We examined whether particular specimen changes were associated with species for which changes in EOO over the decade were large enough to change their conservation category. Corrections to specimens previously misidentified or lacking georeferences were overrepresented in such species, whereas changes associated with taxonomic remodeling (lumping and splitting) were underrepresented. Among species present in both years, transitions to less threatened status outnumbered those to more threatened (8% vs 3%, respectively). Species previously deemed data deficient transitioned to threatened status more often than to not threatened (10% vs 7%, respectively). Conservation scientists risk reaching unreliable conclusions if they use specimen databases that are not actively curated to reflect changing knowledge.
Cada vez se reconoce más el valor que tienen las colecciones de historia natural para la investigación dentro de la ciencia de la conservación, a pesar de las limitaciones en la documentación adecuada de la cobertura taxonómica, geográfica y temporal. Los análisis con base en especímenes son de particular importancia en los grupos de plantas tropicales, para los cuales las observaciones en el campo son escasas y potencialmente de poca confianza debido la gran cantidad de retos de identificación que amplifican la diversidad. Las bases de datos de especímenes que son curadas por especialistas son fuentes abundantes de datos identificados autoritativamente y de distribución georeferenciada, por lo que es urgente la necesidad de dichos datos para géneros extensos. Comparamos las entradas en una base de datos monográfica para el género neotropical extenso Myrcia en 2007 y en 2017. Clasificamos y cuantificamos las diferencias en los registros de especímenes durante esta década y determinamos el impacto potencial de estos cambios sobre las evaluaciones de conservación. Separamos las identificaciones erróneas de los cambios causados por la remodelación taxonómica y consideramos los efectos de la adición de especímenes y de georeferencias. Calculamos el impacto potencial de cada cambio sobre las estimaciones de la extensión de la distribución (EOO, en inglés), la medida que se utiliza con mayor frecuencia en las valoraciones del riesgo de extinción de las plantas tropicales. Examinamos si los cambios en un espécimen particular estuvieron asociados con especies para las cuales los cambios en la EOO durante la década fueron lo suficientemente amplios para cambiarles la categoría de conservación. Las correcciones hechas a especímenes previamente mal identificados o carentes de georeferencias estuvieron sobre-representadas en dichas especies, mientras que los cambios asociados con la remodelación taxonómica (agrupamiento y separación) estuvieron sub-representados. Entre las especies presentes en ambos años, las transiciones hacia un estado de conservación con menor amenaza superaron en cantidad a aquellas hacia un estado de mayor amenaza (8% vs 3%, respectivamente). Las especies que con anterioridad se clasificaban como deficientes de datos tuvieron más transiciones hacia el estado de amenazadas que hacia el estado de no amenazadas (10% vs 7%, respectivamente). Los científicos de la conservación corren el riesgo de llegar a conclusiones poco confiables si utilizan bases de datos de especímenes que no sean actualizadas para reflejar el conocimiento cambiante.
Journal Article
Punctuation in Early Modern Texts: The English Translation of Rembert Dodoens’ Herbal in Handwriting and Printing
The present paper analyses the punctuation of a handwritten and a printed version of a distinguished herbal from the Early Modern period—that is—the English translation of Rembert Dodoens’ A Niewe Herball or Historie of Plants. The paper aims to contribute to the dissemination of knowledge on the use and distribution of punctuation in Early Modern English texts of a diverse typology, as well as to provide fresh observations as regards the historical linguistic comparison between scribes and printers’ writing practices. All this considered, it pursues the following objectives: to undertake (i) a quantitative survey of the various punctuation marks occurring in the texts; (ii) a qualitative examination of these at macro- and micro-textual levels; and (iii) an evaluation of the similarities and differences between the manuscript and the printed versions.
Journal Article
Current status of the Palm collection (Arecaceae) of the Venezuelan National Herbarium (VEN)
2014
The National Herbarium of Venezuela (VEN) has the largest collection of botanical specimens in the country,thus being the main source of reference for the flora of Venezuela. It also hosts a large number of specimensfrom other countries in the Neotropical region. The VEN contains approximately 400 000 specimens currentlyregistered in the herbarium’s database, of which 2192 form the palm (Arecaceae) collection that encompasses35 genera (including 5 foreign genera) and 127 specific and infraspecific taxa. The genera with the largestnumber of specimens are Geonoma (498) and Bactris (360), followed by Euterpe (158). The species Geonomadeversa (Poit.) Kunth contains the largest number of specimens in the collection (110). The herbarium hosts typematerial of 12 Arecaceae taxa: 4 holotypes, 1 lectotype, 5 isotypes and 2 isoneotypes. Most of the specimensat the VEN have been identified by specialists such as A. Henderson, F. Kahn, F. Stauffer and J. Wessels-Boer. A list of species found in the herbarium is presented herein. Review of specimen data at the VEN showthat palms have been collected mainly in the following states of Venezuela: Amazonas, Bolivar, Zulia, DeltaAmacuro, Aragua, Apure, and Distrito Capital. The main contribution to the collection of palms to the VEN isthe collections made by J. A. Steyermark and F. Stauffer.
Journal Article
La naturaleza en la biblioteca: los herbarios de El Escorial y las colecciones de Diego Hurtado de Mendoza
2023
El redescubrimiento de los herbarios de Diego Hurtado de Mendoza en la Biblioteca de El Escorial permite ofrecer una mirada diferente a la biblioteca del aristócrata, diplomático, coleccionista y poeta granadino. Cuando su biblioteca pasó a manos de Felipe II, tras la muerte de Mendoza en 1575, los herbarios se incorporaron al programa cultural, político y artístico que se estaba creando en torno al monasterio-palacio-mausoleo. Este artículo pretende proponer una nueva mirada a estos herbarios situándolos en los dos contextos culturales en los que vivieron, el de su producción y el de su recepción. Ambos contextos se basaron no sólo en la biblioteca mendocina como espacio de construcción de conocimiento sobre el mundo natural, sino también desempeñando diferentes roles dentro de una biblioteca que se había movido entre Italia (Venecia, Trento, Padua, Bolonia, Roma) y España (Granada, Madrid, El Escorial) a lo largo de cuatro décadas decisivas para el futuro de la Monarquía Católica.
Journal Article
Herbarium Areqvipense (HUSA): computerization and representativeness of its collection
by
Victor Quipuscoa
,
Italo F. Treviño
,
Laura Cáceres
in
colección científica
,
flora peruana
,
herbario
2012
Scientific collections and herbaria are essential sources of information and education for researchers and practitioners in biological sciences. The Herbarium Areqvipense (HUSA), registered at Index Herbariorum since 2004, holds one of the most important collections in Peru. In this paper we provide information about the collection, and its representativeness for the Peruvian flora. HUSA has more than 11000 specimens recorded to date, with more than 2300 determined species, consisting mostly of Magnoliophyta and Pteridophyta (ca. 98%), and a smaller proportion of Basidiomycetes, Ascomycetes (fungi and lichens) and Bryophyta (mosses). The collection includes specimens from 23 departments of Peru, where the samples belonging to Arequipa have the largest number of individuals collected (3375) accounting for 31% of the collection. Asteraceae and Solanaceae are the most collected with 1571 and 964 specimens, respectively. The majority of geo-referenced specimens came from the tropical wet forest with 15%, followed by the tropical pre-montane wet forest with 8%. We also provide a list of the nomenclatural types and a brief summary of the history and development of HUSA since its creation.
Journal Article
Significance of Sighting Rate in Inferring Extinction and Threat
by
McINERNY, GREG J.
,
CRIBB, PHILLIP J.
,
ROBERTS, DAVID L.
in
Animal, plant and microbial ecology
,
Applied ecology
,
Biological and medical sciences
2006
We are now entering a time of immense environmental upheaval in which, increasingly, experts are required to provide conservation assessments. Quantitative assessment of trends in species' range and abundance is costly, requiring extensive field studies over a long period of time. Unfortunately, many species are only known through a few \"chance\" sightings or a handful of specimens, and therefore extinction may be even harder to ascertain. Several methods have been proposed for estimating the probability of extinction. However, comparison within and between species is difficult because of variations in sighting rates. We applied a probabilistic method that incorporates sighting rate to the sighting record of Vietnamese slipper orchids (Paphiopedilum). The method generates a probability that another sighting will occur given the previous sighting rate and the time since last observation. This allows greater comparability between species discovered at different times. Its predictions were more highly correlated with the World Conservation Union criteria than previous methods. Trends in data collection and the political climate of a country, which affects access to material, are important potential sources of variation that affect sighting rates. A lack of understanding of the process by which data are generated makes inferring extinction from sighting records difficult because extinction status depends on how the sighting rate varies. However, such methods allow rapid conservation prioritization of taxa that are poorly known and would otherwise go unassessed.
Journal Article
Identifying Sighting Clusters of Endangered Taxa with Historical Records
by
DUFFY, KARL J.
in
Animal, plant and microbial ecology
,
Applied ecology
,
barrido de permutaciones espacio-tiempo
2011
The probability and time of extinction of taxa is often inferred from statistical analyses of historical records. Many of these analyses require the exclusion of multiple records within a unit of time (i.e., a month or a year). Nevertheless, spatially explicit, temporally aggregated data may be useful for identifying clusters of sightings (i.e., sighting clusters) in space and time. Identification of sighting clusters highlights changes in the historical recording of endangered taxa. I used two methods to identify sighting clusters in historical records: the Ederer-Myers-Mantel (EMM) test and the space-time permutation scan (STPS). I applied these methods to the spatially explicit sighting records of three species of orchids that are listed as endangered in the Republic of Ireland under the Wildlife Act (1976): Cephalanthera longifolia, Hammarbya paludosa, and Pseudorchis albida. Results with the EMM test were strongly affected by the choice of the time interval, and thus the number of temporal samples, used to examine the records. For example, sightings of P. albida clustered when the records were partitioned into 20-year temporal samples, but not when they were partitioned into 22-year temporal samples. Because the statistical power of EMM was low, it will not be useful when data are sparse. Nevertheless, the STPS identified regions that contained sighting clusters because it uses a flexible scanning window (defined by cylinders of varying size that move over the study area and evaluate the likelihood of clustering) to detect them, and it identified regions with high and regions with low rates of orchid sightings. The STPS analyses can be used to detect sighting clusters of endangered species that may be related to regions of extirpation and may assist in the categorization of threat status. La probabilidad y tiempo de extinción de los taxa a menudo es inferido a partir de análisis estadísticos de los registros históricos. Muchos de esos análisis requieren la exclusión de múltiples registros en una unida de tiempo (i.e., un mes o un año). Sin embargo, los datos espacialmente explícitos, agregados temporalmente pueden ser útiles para la identificación de grupos de avistamientos (i.e., grupos de avistamientos) en el espacio y tiempo. La identificación de grupos de avistamientos resalta los cambios en los registros históricos de los taxa en peligro. Utilicé 2 métodos para identificar grupos de avistamientos en los registros históricos: prueba de Ederer-Myers-Mantel (EMM) y barrido de permutaciones espacio-tiempo (BPES). Apliqué estos métodos a los registros visuales espacialmente explícitos de 3 especies de orquídeas que están en peligro en la República de Irlanda bajo el Acta de Vida Silvestre (1976): Cephalanthera longifolia, Hammarbya paludosa y Pseudorchis albida. Los resultados con la prueba EMM fueron afectados significativamente por la elección del intervalo de tiempo, y por lo tanto el número de muestras temporales, utilizado para examinar los registros. Por ejemplo, los avistamientos de P. albida se agruparon cuando los registros fueron divididos en muestras temporales de 20 años, pero no cuando fueron divididos en muestras temporales de 22 años. Debido a que el poder estadístico de EMM fue bajo, no será útil cuando los datos son escasos. Sin embargo, BPES identificó regiones que contenían grupos de avistamientos porque utiliza una ventana de barrido flexible (definida por los cilindros de tamaño variable que se mueven por el área de estudio y evalúan la probabilidad de agrupamiento) para detectarlos, e identificó regiones con tasas de avistamiento altas y regiones con tasas de avistamiento bajas. El análisis BPES puede ser utilizado para detectar grupos de avistamientos de especies en peligro que pueden estar relacionadas con regiones de extirpación y puede ayudar a la categorización del estatus de amenaza.
Journal Article
La colección de tipos de plantas vasculares del Herbario Nacional de Chile (SGO): Análisis histórico, temporal y espacial The vascular plants type collection of the Chilean National Herbarium (SGO): Historic, temporal and spatial analysis
by
Mélica Muñoz-Schick
,
Vanezza Morales
,
Andrés Moreira-Muñoz
in
Chile
,
Colección tipo
,
Herbario SGO
2012
Se realiza un análisis de la colección de especímenes tipo de plantas vasculares del Herbario Nacional de Chile (SGO) , aportando antecedentes a su historia, a la distribución temporal y espacial de los ejemplares, los colectores y descriptores más importantes junto con la validez de los nombres de los taxones analizados al día de hoy. Se analizaron 6.555 ejemplares, los que fueron recolectados en un período de 182 años (1828-2010). La mayoría de éstos se concentran espacialmente en las regiones de Atacama, Coquimbo y Metropolitana. En cuanto a su validez taxonómica actual, se analizaron 4.236 nombres de taxones, de los cuales el 61% mantienen a lo menos el género y el 20,4% el nombre completo de la especie o categoría infraespecífica con que fue descrito originalmente. Como descriptor más importante se destaca R.A. Philippi, con 3.359 nombres de taxones dentro de la colección, mientras que junto con F. Philippi destacan como colectores de un gran número de los ejemplares tipo.The vascular plants type collection of the SGO Herbarium, Chile, was studied, including information about its history, temporal and spatial distribution of the specimens, prolific collectors and descriptors, together with the revision of the valid names up to date. The analyzed specimens reach a number of 6,555, collected in a lapse of 182 years (1828-2010). A great proportion of the specimens was collected in the Atacama, Coquimbo and Metropolitan regions. According to the names validity, from 4,236 specimens, 61% retains at least the genus name and 20.4% retains the complete name of its original description. R.A. Philippi appears as the most prolific plant descriptor, with 3,359 taxa, while together with F. Philippi they act also as collectors of a high number of type specimens.
Journal Article