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野生哺乳动物肠道微生态由肠道正常菌群及其所生活的环境共同构成,与动物个体生理和健康密切相关。粪便样品对野生动物肠道微生态的研究具有特殊价值,基于粪便组学将可能从多个角度对野生哺乳动物肠道微生态在外界环境、饮食和疾病等方面提供重要信息。本文主要综述了基于粪便的高通量组学技术及其在野生哺乳动物研究中的应用,重点关注野生与圈养、气候与地域变化,以及疾病状态的肠道微生物组学和代谢组学的研究应用,以期推动生物技术在我国野生哺乳动物研究中的发展,为野生动物保护提供新的研究手段和研究方向。

背景与目的筛查非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）患者尿液中差异表达蛋白,确定可用于NSCLC早期诊断、监测预后和治疗评估的生物标记物。方法分别收集40例已病理证实初诊NSCLC患者、8例肺部良性疾病患者和22例健康志愿者的尿液样本。利用0.9%一维十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（sodium dode-cyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,1D SDS-PAGE）技术和MS-Thermo-Orbitrap-Velos质谱分析仪对NSCLC组和非肿瘤组尿液中蛋白质进行分离、提取及识别,鉴定出NSCLC患者尿液中的差异表达蛋白。应用SPSS 20.0软件中受试者工作特征曲线（receiver operating characteristic curve,ROC）分别对其敏感性、特异性进行分析,并进行实验验证,从而确定出与NSCLC相关的生物标记物。结果 NSCLC患者组和非肿瘤组尿液差异性表达蛋白质集中表现在90 k Da、60 k Da和20 k Da-30 k Da凝胶条带中。在NSCLC患者尿液蛋白分析中发现了4种与NSCLC相关的差异表达蛋白,包括上调蛋白LRG1、CA1和下调蛋白VPS4B、YWHAZ。这4种差异表达蛋白作为独立的NSCLC生物标记物其敏感性较低：LRG1蛋白敏感性83.0%（25/30）、特异性90.0%（18/20）;CA1蛋白敏感性60.0%（18/30）、特异性90.0%（18/20）;VPS4B蛋白敏感性73.3%（22/30）、特异性90.0%（18/20）;YWHAZ蛋白敏感性60.0%（18/30）、特异性95.0%（19/20）。而采用蛋白质组合模式对NSCLC进行筛查、诊断,则其敏感性和特异性分别可高达96.7%（29/30）和85%（17/20）。结论 LRG1、CA1蛋白在NSCLC患者尿液中高表达,而VPS4B、YWHAZ蛋白呈低表达,差异表达蛋白均提示有可能成为用于NSCLC早期筛查、监测预后和治疗评估的生物标记物。LRG1、CA1、VPS4B和YWHAZ尿液蛋白作为单一生物标记物应用于NSCLC筛查和诊断的敏感性较低,而采用蛋白质组合模式明显优于独立模式对NSCLC的筛查和诊断,故蛋白质组合模式在临床诊疗中将更具有良好应用价值和前景。

蛋白组学技术可以应用于癌症研究来检测差异蛋白质表达以发现癌症生物标志物。肺癌的生物标志物在肺癌早期诊断、指导治疗和预后监测方面起着关键作用。因此，迫切需要确定新的早期诊断和预后指标以开辟新的治疗途径。本文简要介绍了基于蛋白质组学的肺癌生物标志物的最新研究报告。他包括作为诊断、预后和预测性的生物标志物，以及基于最近发表文献的基础上和我们所做的相关工作的总结。

目的探讨β-榄香烯对胃癌细胞作用的蛋白质分子基础。方法采用MTT法观察β-榄香烯对SGC7901胃癌细胞活性的影响;iTRAQ蛋白质组学筛选β-榄香烯作用SGC7901胃癌细胞蛋白质表达变化;Western blot对所筛选差异表达蛋白质进行验证。结果β-榄香烯显著抑制SGC7901胃癌细胞活性;β-榄香烯干预引起SGC7901细胞147个蛋白质表达上调,86个蛋白质表达下调。Western blot对PAK1IP1（p21-activated protein kinase-interacting protein 1）、BTF（Bcl-2-associated transcription factor 1）和TOPIIα（topoisomerase 2-alpha）表达验证显示,PAK1IP1和BTF表达上调,TOPIIα表达下调,与蛋白质组学结果一致。筛选出的差异表达蛋白所涉及信号通路主要包括核糖体信号通路、过氧化物酶体增殖物活化受体信号、细胞骨架肌动蛋白调节信号、细胞吞噬以及氨基酸的合成代谢。结论β-榄香烯对胃癌细胞具有显著的抑制作用,筛选的差异表达蛋白对研究β-榄香烯抗肿瘤作用机制具有重要的参考价值。

背景与目的晚期肺鳞癌（squamous cell carcinoma of lung,SCC）一线治疗以化疗为主,其标准铂二联方案化疗只能给患者带来有限的获益。并且不同的患者对于化疗药物的获益不同。所以实现化疗药物最优选择达到个体化预见性治疗尤为重要。本研究应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）检测初治晚期SCC患者接受紫杉醇类联合铂类化疗前血清多肽,并分析其与化疗疗效的相关性。方法初治晚期SCC患者接受紫杉醇类联合铂类方案化疗,每两周期进行疗效评价。评效为完全缓解（complete response,CR）或部分缓解（partial response,PR）患者定义为化疗敏感组,疾病进展（progressive disease,PD）患者定义为耐药组。留取SCC患者化疗前血清样本,81例患者按照3：1的比例随机分为训练组（敏感组I与耐药组I）和验证组（敏感组II与耐药组II）,预处理训练组血清样本并进行MALDI-TOFMS检测,得到血清多肽指纹图谱。经Clin Pro Tools软件系统分析处理,得到敏感组I与耐药组I的差异多肽。应用软件内置的3种不同的生物学算法分别建立疗效预测模型,选取最优算法建立疗效预测模型。运用验证组进行盲样验证。结果训练组共纳入30例敏感组患者,31例耐药组患者;验证组共纳入敏感与耐药组患者各10例。训练组在敏感与耐药组有96个差异多肽,其中具有统计学意义的多肽有16个（P〈0.001）。由5个多肽（1,897.75 Da,2,023.93 Da,3,683.36 Da,4,269.56 Da,5,341.29 Da）建立疗效预测模型。该模型对化疗敏感组患者的识别率为95.11%,交叉验证率为89.18%。经验证组进行盲样验证,其模型的准确率为85%,灵敏度为90.0%,特异性为80.0%。敏感组I中位无进展生存期（progress free survival,PFS）为7.2个月（95%CI：4.4-14.5）;耐药组I中位PFS为1.8个月（95%CI：0.7-3.5）。结果发现：4,232.04 Da、4,269.56 Da的差异多肽与SCC患者PFS存在相关性（P〈0.001）。结论应用MALDI-

目的分析冠心病不稳定型心绞痛（UAP）与稳定型心绞痛（SAP）患者血浆中的差异蛋白质,筛选可能与UAP早期诊断密切相关的血浆蛋白标记物。方法分别收集2014年6月-2015年4月南方医科大学第三附属医院UAP及SAP血浆标本各60例,另收集体检科收集的血浆标本作为正常对照组（n=60）。随机取对照组（n=10）、UAP组（n=10）与SAP组（n=10）空腹血浆标本各100μl,分别等量混合成3组样本,去除血浆高丰度蛋白后,利用双向差异凝胶电泳（DIGE）技术进行蛋白分离,经差异软件分析后,采集UAP和SAP之间变化2倍以上的差异蛋白质点,利用基质辅助激光解吸电离-飞行时间/飞行时间质谱（MALDI-TOF/TOF MS）对差异蛋白点进行鉴定。每组随机选取40份血浆样本,选取UAP特异性差异蛋白进行ELISA验证。结果 UAP与SAP组患者血浆相比较,共筛选出10个表达量差异2倍以上的差异蛋白点,包括9个上调蛋白点,1个下调蛋白点。经质谱鉴定后,表达上调的蛋白包括纤维蛋白原γ链（FGG）、补体C4-B（C4B）、免疫球蛋白κ链C结构域（IGKC）和血红蛋白α亚基（HBA1）;表达下调的蛋白是结合珠蛋白（HP）。与对照组比较后,在这些差异蛋白中共找到2个UAP特异性相关蛋白,即IGKC和HP。选取IGKC进行ELISA验证,结果表明,与对照组和SAP组相比较,UAP组样本中IGKC特异性表达上调（P〈0.05）,与DIGE验证结果一致。结论筛选到UAP特异性相关蛋白IGKC和HP,IGKC有可能成为UAP早期筛查及诊断的特异性生物标记物。

为奠定油桐蛋白质组学研究的基础,针对影响油桐种仁蛋白质分离效果的几个重要因素进行单因素优化实验,建立了油桐种仁蛋白质组分离效果良好的双向电泳技术平台。实验结果显示：采用TCA-丙酮结合酚抽法提取的油桐种仁蛋白质,经裂解液（7 mol.L-1尿素,2 mol.L-1硫脲,4%CHAPS,65 mmol.L-1DTT,2%IPG buffer）裂解之后,上样700μg聚焦70 000 Vh,经过SDS-PAGE电泳（分离胶浓度15%,恒功率5 W,电泳时间8 h）后有良好的分离效果,能满足开展后续蛋白质组学研究的实验要求。

“生物医学研究的最新技术进展使鉴定多种分子生物标记物变得更加容易，有助于促进癌症筛查和检测……通过允许医生为患者制定个体化治疗来提高癌症治疗的有效性和安全性。”

目的联合导向激光捕获显微切割技术（NLCM）及蛋白质组学技术比较分析高分化贲门腺癌细胞和低分化贲门腺癌细胞的蛋白质表达图谱差异,寻找与贲门腺癌恶性程度和预后有关的分子标志物。方法应用导向激光捕获显微切割技术分别获取高分化和低分化贲门腺癌细胞,提取蛋白质,应用双向凝胶电泳（2-DE）技术分离蛋白质,选定差异点,胶内酶解后,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF MS）鉴定差异蛋白质,并用免疫组化方法验证差异蛋白的表达。结果 1NLCM分别分离纯化了高分化和低分化贲门腺癌细胞;2建立了高分化和低分化贲门腺癌细胞的蛋白质表达图谱,两组分别检测到（846±52）个和（923±84）个蛋白质点,两组的匹配率为85.4%;3对高分化和低分化的贲门腺癌蛋白质表达谱进行比较分析,鉴定出10种差异蛋白,其中6个蛋白质在低分化贲门腺癌细胞中表达上调,4个蛋白质在低分化贲门腺癌细胞中表达下调;4差异蛋白质涉及细胞间信号转导、细胞代谢、凋亡及迁移等;5进一步通过免疫组化方法验证了差异蛋白HSP27的表达与蛋白质组学研究结果一致。结论高分化和低分化贲门腺癌间存在蛋白质表达的差异,这些差异表达的蛋白质可能与贲门腺癌的恶性程度和预后有关。

目的建立适用于细粒棘球蚴囊液蛋白质组的双向电泳分离条件。方法冷冻干燥法制备囊液总蛋白提取物,观察不同的蛋白样品处理方法、IPG胶条pH范围和电泳上样量对双向电泳图谱的影响。结果经ReadyPrepTM2-D Cleanup Kit处理的提取物上样量为400μg,在pH7-10范围的胶条进行双向电泳分离,可获取蛋白斑点较多、重复性较好的二维电泳图谱。结论建立的细粒棘球蚴囊液双向电泳技术及图谱,可为细粒棘球蚴虫蛋白质组学的研究提供理论依据。