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高原鼠兔（Ochotona curzoniae）是青藏高原最具特色的小型哺乳动物之一，对青藏高原的生态系统有着重要作用。对高原鼠兔特定部位的细菌群落已有一些研究，但对多个部位细菌群落的生物地理图谱研究较少。为了探究高原鼠兔不同部位的细菌群落组成的差异，从青藏高原门源地区捕捉高原鼠兔，分别采集其脸部、毛发、肝脏、胃部、小肠和盲肠的样本，使用16S rRNA基因测序技术表征这些部位的细菌群落。结果表明：高原鼠兔不同部位的细菌群落组成差异较大，其脸部、毛发、肝脏、胃部和小肠中变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度最高，而在盲肠中厚壁菌门（Firmicutes）的相对丰度最高。盲肠中细菌alpha多样性最高，肝脏中最低。Beta多样性分析显示，高原鼠兔脸部和毛发的细菌图谱与消化器官（肝脏、胃部、小肠和盲肠）的细菌图谱存在显著差异（P < 0.05）。网络分析显示，高原鼠兔脸部和毛发的细菌网络复杂性高于消化器官。群落组装分析显示，脸部、毛发、肝脏和盲肠的细菌群落组装以确定性过程为主导，而胃部和小肠的细菌群落组装以随机性过程为主导。结果揭示了高原鼠兔不同部位间的生物地理图谱差异，并确定了不同部位中的特征细菌群落。这对于阐明区域微生物生态位和绘制完整的高原鼠兔微生物组的生物地理图谱具有重要意义。

Q938.1; 高原鼠兔(Ochotona curzoniae)是青藏高原最具特色的小型哺乳动物之一,对青藏高原的生态系统有着重要作用.对高原鼠兔特定部位的细菌群落已有一些研究,但对多个部位细菌群落的生物地理图谱研究较少.为了探究高原鼠兔不同部位的细菌群落组成差异,从青藏高原门源地区捕捉高原鼠兔,分别采集其脸部、毛发、肝脏、胃部、小肠和盲肠的样本,使用16S rRNA基因测序技术表征这些部位的细菌群落.结果表明:高原鼠兔不同部位的细菌群落组成差异较大,其脸部、毛发、肝脏、胃部和小肠中变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度最高,而在盲肠中厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度最高.盲肠中细菌α多样性最高,肝脏中最低.β多样性分析显示,高原鼠兔脸部和毛发的细菌图谱与消化器官(肝脏、胃部、小肠和盲肠)的细菌图谱存在显著差异(P<0.05).网络分析显示,高原鼠兔脸部和毛发的细菌网络复杂性高于消化器官.群落组装分析显示,脸部、毛发、肝脏和盲肠的细菌群落组装以确定性过程为主导,而胃部和小肠的细菌群落组装以随机性过程为主导.结果揭示了高原鼠兔不同部位间的生物地理图谱差异,并确定了不同部位中的特征细菌群落.这对于阐明区域微生物生态位和绘制完整的高原鼠兔微生物组的生物地理图谱具有重要意义.

高原鼠兔和高原鼢鼠是青藏高原的两种优势小型哺乳动物，其肠道微生物在宿主高原适应性方面发挥着重要作用，同时，作为野生动物，它们的肠道微生物也可能携带抗生素抗性基因并将其传播给人类，造成抗生素药物失效。因此，对这两个物种肠道微生物组和抗生素抗性基因的研究十分重要。本研究通过16S rRNA基因测序，定量PCR等技术获得两物种肠道菌群特征并检测到了抗生素抗性基因。结果发现，在门水平上，高原鼢鼠肠道拟杆菌门（Bacteroidetes）的相对丰度更高；而高原鼠兔肠道厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度更高，在属水平上，高原鼢鼠的拟杆菌属（Bacteroides）和S247科中某属的相对丰度更高，而高原鼠兔的普雷沃氏菌（Prevotella）、颤螺菌属（Oscillospira）、YRC22和瘤球菌科（Ruminococcaceae）中某属的相对丰度更高。这些微生物大多与植物多糖分解有关。另外，高原鼠兔肠道微生物的α多样性高于高原鼢鼠，两物种间肠道菌群结构差异度大，这可能是由物种及膳食结构的差异共同决定的。两物种体内均能检测出抗生素抗性基因，本次研究共检测到3类抗生素抗性基因，分别是四环素类抗性基因tetQ，tetM01和tetG01；磺胺类抗性基因sul1和sul2；以及多重耐药基因floR，其中某些抗生素抗性基因与部分菌群具有相关关系。这些结果表明野生动物体内也存在抗生素抗性基因的蓄积，这些抗生素抗性基因可能传播给人类，对人类的健康产生危害，但可以通过调节野生动物肠道菌群来降低抗生素抗性基因的蓄积与传播。