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"遗传多样性"
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基于微卫星标记的藏原羚遗传多样性及亲缘关系分析
遗传多样性和亲缘关系的研究对于野生动物种群的健康维持和长久繁衍具有重要意义。为评估三江源国家公园长江源园区藏原羚(Procapra picticaudata)种群的遗传多样性,本研究共采集24个藏原羚集群的149份新鲜粪便样本,利用MB066、HDZ8、HDZ496等8个微卫星位点进行基因分型,最终识别出105个藏原羚个体,并利用性别鉴定引物确定其中有雌性77只,雄性28只。结果表明:8个微卫星位点的平均等位基因数为21.125,平均多态信息含量(PIC)为0.708,观测杂合度(Ho)为0.219 0.914,平均值为0.645;期望杂合度(He)为0.265 0.937,平均值为0.724,显示该种群处于较高的遗传多样性水平。然而,近交系数为0.103,表明种群中存在杂合子缺失的情况,暗示有近交风险的存在。此外,亲缘关系分析共鉴定出36对亲子关系,涉及57个个体。这些亲子对多数出现在同一集群内,且以母女关系为主(占62.5%),而与雄性相关的亲子对(母子/父女/父子)仅占37.5%。研究结果为长江源园区藏原羚种群的遗传多样性评估和亲缘关系分析提供了新的视角和数据支持,对于制定有效的藏原羚保护策略和措施具有重要参考价值。
Journal Article
基于微卫星标记的藏原羚遗传多样性及亲缘关系分析
Q953; 遗传多样性和亲缘关系的研究对于野生动物种群的健康维持和长久繁衍具有重要意义.为评估三江源国家公园长江源园区藏原羚(Procapra picticaudata)种群的遗传多样性,共采集24个藏原羚集群的149份新鲜粪便样本,利用MB066、HDZ8和HDZ496等8个微卫星位点进行基因分型,最终识别出105个藏原羚个体,并利用性别鉴定引物确定其中有雌性77只,雄性28只.结果表明:8个微卫星位点的平均等位基因数为21.125,平均多态信息含量(PIC)为0.708,观测杂合度(Ho)为0.219~0.914,平均值为0.645;期望杂合度(He)为0.265~0.937,平均值为0.724,显示该种群处于较高的遗传多样性水平.然而,近交系数为0.103,表明种群中存在杂合子缺失的情况,暗示有近交风险的存在.此外,亲缘关系分析共鉴定出36对亲子关系,涉及57只个体.这些亲子对多数出现在同一集群内,且以母女关系为主(占62.5%),而与雄性相关的亲子对(母子/父女/父子)仅占37.5%.研究结果为长江源园区藏原羚种群的遗传多样性评估和亲缘关系分析提供了新的视角和数据支持,对于制定有效的藏原羚保护策略和措施具有重要参考价值.
Journal Article
基于简化基因组测序的吐鲁番沙虎遗传多样性分析
吐鲁番沙虎(Teratoscincus roborowskii)是我国吐鲁番盆地特有的爬行动物,也是国家二级保护动物。为评估其遗传多样性及群体结构,本研究以鄯善(SS)、托克逊(TS)、吐鲁番(TP)和艾丁湖(AL)4个盆地内居群的32只个体为研究对象,通过基因分型测序(GBS)技术在全基因组范围开发单核苷酸多态性(SNP)分子标记,最终获得90 543个高质量SNP位点。基于获得的SNPs数据进行了遗传多样性、系统发育与群体遗传结构分析。结果表明:遗传多样性分析显示,各居群观测杂合度(Ho)均高于期望杂合度(He),Ho均值为0.241,He均值为0.232,其中AL居群的多样性最高。居群间遗传分化程度存在差异,SS与TS居群间的遗传分化系数(FST)最大(0.157);TP与AL居群间的FST最小(0.014)。系统发育树与群体遗传结构分析的结果一致,即SS居群单独聚簇,其余3个居群聚为一簇。Tajima’s D中性检验结果提示该物种可能经历了近期群体收缩或受到平衡选择影响。综合表明,吐鲁番沙虎在遗传结构上呈现显著的东(SS居群)—西(TP、TS、AL居群)分化及其遗传多样性特征可能受地理隔离与群体历史过程的共同影响。研究结果为进一步理解吐鲁番沙虎适应性进化及开展物种保护提供了基因组学依据。
Journal Article
基于微卫星分析黑龙江省南部小飞鼠种群的遗传多样性
in
遗传多样性
2025
Q953; 小飞鼠(Pteromys volans)为树栖夜行滑行类啮齿动物,过去不合理的森林采伐已导致其生存受到一定威胁,亟需对其种群的遗传变化,特别是遗传多样性和近交衰退等种群遗传信息开展进一步评价,增强保护与管理的针对性.利用微卫星分子标记对黑龙江省南部4个小飞鼠种群进行遗传多样性分析.结果显示:8个微卫星位点检测出种群平均等位基因数为12.9(12.0~14.4)个,有效等位基因数为8.6(8.1~8.8)个,观测杂合度为0.887(0.832~0.925),期望杂合度为0.872(0.865~0.876),近交系数为-0.018(-0.066~0.046).结果表明:小飞鼠种群遗传多样性丰富,其中,苇河种群遗传多样性最高,穆棱种群次之,方正和宾县种群较低.种群历史数量的下降与分布区的隔离影响着各局域种群的遗传多样性格局.种群内高比例的稀有等位基因显示,未来小飞鼠种群存在遗传多样性下降的风险.检测到近期方正和宾县种群存在遗传瓶颈效应与近亲繁殖情况.建议加大对小飞鼠的关注和保护力度,开展栖息地修复和生态廊道构建,从而实现该物种的种群增长与扩散.
Journal Article
基于微卫星的大熊猫群体遗传多样性分析及亲子鉴定
Q953%S863; 为了探究秦岭大熊猫(Ailuropoda melanoleuca qinlingensis)圈养种群的遗传多样性和亲子关系,指导其科学繁育,本研究建立了一套优化的技术体系.利用筛选出的9个高分辨率微卫星位点(以四碱基重复为主)进行PCR扩增与毛细管电泳分型,并对32只个体进行遗传多样性分析.结果显示:通过均质化与热孵育预处理,显著提升了粪便样本中宿主基因组DNA的得率与质量.秦岭大熊猫群体Ho为0.281~0.938,平均为0.596,He为0.391~0.793,平均为0.560,Ho>He,说明基因杂合度水平高;多态信息含量(PIC)为0.351~0.747,平均为0.499,其中3个位点为高度多态性,其余为中度多态性,群体遗传多样性高.亲子关系鉴定结果显示,利用9对微卫星引物组合在双亲未知时单亲累积排除概率(CE-1P)达0.999 999,双亲之一已知时单亲累积排除概率(CE-2P)达0.999 978,双亲未知时亲本对累积排除概率(CE-PP)达0.999 088.基于上述方法及PopGen32与iTOL的遗传距离聚类分析,成功明确了5只子代的父本来源.研究结果为完善大熊猫遗传谱系、防止近交衰退及制定科学配种方案提供了可靠的技术支持和关键数据.
Journal Article
基于mtDNA D-loop的河南某地引入猕猴群体遗传背景分析
Q953; 在生物多样性保护实践中,引入物种以及由此引发的相关生态学问题受到研究者、野生动物管理部门的长期关注.基于来自国内11省份的猕猴(Macaca mulatta)mtDNA D-loop序列(502 bp),分析河南荥阳环翠峪地区一个引入猕猴群体的遗传多样性和系统发育,旨在明确该猕猴群体的遗传背景,探讨其可能的原始种群产地.结果表明:(1)环翠峪猕猴群体核苷酸多样性较低(0.007 11±0.005 92),而单倍型多样性较高(0.143±0.119);(2)环翠峪猕猴群体与浙江地区猕猴聚为一支;(3)环翠峪猕猴群体与国内其他猕猴群体间的遗传差异为63.10%.据此推测,荥阳环翠峪地区猕猴的原始种群可能来自浙江地区.研究结果有助于规范引入动物开展生态旅游的管理,建议对环翠峪猕猴种群采取严格的监管措施,以避免其与太行山猕猴发生遗传混合的潜在风险.
Journal Article
基于COI基因的浙江省内黄缘闭壳龟遗传多样性研究
Q953; 为了解浙江省内不同黄缘闭壳龟(Cuora flavomarginata)群体的种质资源现状,基于线粒体DNA COI序列对来自浙江省内野外和养殖场的8个黄缘闭壳龟群体的遗传多样性和遗传结构进行比较分析.结果表明:黄缘闭壳龟线粒体COI基因序列长度为1 040 bp,A=27.4%、T=30.5%、C=24.6%、G=17.5%,有较强的AT偏好性;共定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)为(0.799 00±0.210 00),核苷酸多样性(Pi)为(0.002 09±0.001 47),呈\"高Hd低Pi\"遗传分布;不同黄缘闭壳龟群体间的遗传距离为0~0.003,群体内部的遗传距离为0~0.004,其中磐安后阁村(YS)群体内部的遗传距离最大,为0.004;单倍型系统发育树并未呈现明显的谱系结构;群体间遗传分化指数(FST)为-0.347 52~0.822 22,8个群体的遗传分化不显著(p>0.05);中性检验(Tajima's D=-0.366 27,Fu's FS=-0.605)与核苷酸错配分布均表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体并未经历种群扩张事件,同时,由Mantel检验可知,遗传距离与地理距离没有显著的相关性(R=0.293 8,p>0.05);AMOVA分子方差结果显示,群体内的遗传变异高于群体间(85.06%>14.94%).研究表明,浙江省内黄缘闭壳龟群体之间为高单倍型多样性和低核苷酸多样性的遗传特征,并且存在一定水平的遗传分化,群体内存在明显的基因交流,根据COI基因分析显示,在磐安县获得的野生黄缘闭壳龟个体确定为黄缘闭壳龟浙江种,同时也发现存在浙江种与安徽种的杂交种,建议将分化程度不同的黄缘闭壳龟群体划分为不同单元保护.研究结果为浙江省内黄缘闭壳龟种质资源开发利用和合理制定保护措施提供了基础依据.
Journal Article
辽宁爪鲵种群的空间遗传结构
Q953; 利用13个微卫星位点对4个地理种群的辽宁爪鲵(Onychodactylus zhaoermii)进行遗传多样性及空间遗传结构研究,结果表明:230个样本中共检测到69个等位基因,各种群的差异等位基因数(Na)为1.538~4.462,遗传多样性较低.除本溪县新开村种群(PopⅣ)外,岫岩县华山村(PopⅠ)种群、辽阳县鸡爪村(PopⅡ)种群、辽阳县韩家村(PopⅢ)种群间无显著遗传分化,遗传变异主要来源于种群内部.在以水系划分种群时,表现出一定的遗传差异.在采样位点直线距离小于500 m时,辽宁爪鲵个体间具有较高的遗传相似性.4个种群之间存在3个屏障,结合地理因素,PopⅣ与其他3个种群之间形成了显著的地理阻隔,建议将各地理种群确立为一个管理单元,加强栖息地保护,减少生境片段化对辽宁爪鲵野生资源的影响.
Journal Article
基于线粒体Cyt b基因和CR序列的养殖貉(Nyctereutes procyonoides)种群遗传多样性和结构分析
2021
貉(Nyctereutes procyonoides)是一种重要的经济动物。经过50年的人工驯养繁育,国内养殖种群不断扩大,但对其遗传多样性和结构了解很少,难以开展有效的遗传管理。本研究分析了东北、华北地区养殖貉种群(N=160)的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(CR)序列,并与已经发表的同源序列进行比较。结果定义了5个Cyt b基因和6个CR序列单倍型,其中与俄罗斯产乌苏里亚种共享单倍型分别是3个和4个。种群遗传多样性分析表明,养殖貉种群单倍型多样性处于临界点(Hd=050)、核苷酸多样性处于较高水平(Pi>05%),但二者均明显低于俄罗斯野生乌苏里貉种群。这种遗传多样性模式可能主要是由奠基者效应(founder effect)导致的。此外,红褐色型貉遗传多样性水平显著低于野生型和白色型貉。系统发育分析表明国内养殖貉种群分为3个世系,主要是乌苏里亚种、与同亚种的俄罗斯野生种群亲缘关系密切。研究还发现有1个单倍型(CH5DH5)与越南产指名亚种共享同一个单倍型世系。这说明建群引种中可能偶然引入了华南地区分布的指名亚种。综上分析,我国养殖貉种群已经出现遗传多样性下降的迹象,需要监控种群遗传多样性的变化,引入具有新基因型的野生貉种,制定科学的交配模式,避免近交衰退。
Journal Article
红喉歌鸲黑龙江种群遗传多样性和遗传结构分析
Q953; 为揭示红喉歌鸲(Calliope calliope)黑龙江种群的遗传多样性和遗传结构,测定了85只个体细胞色素b基因序列,结合下载的135条同源序列进行综合分析.结果显示:黑龙江种群包含50个细胞色素b基因单倍型(1 143 bp),其中42个为独特的新单倍型,8个为共享单倍型.黑龙江种群具有较高的单倍型多样性(h=0.934 0±0.021 0),但核苷酸多样性较低(π=0.003 0±0.000 3),且二者均低于西伯利亚、远东岛屿及沿海种群.对此可能的解释是该种群过去经历了瓶颈事件,并可能受过去捕猎活动以及生境破坏的影响.系统发育分析表明,黑龙江种群没有其他支系单倍型的渗入,属于指名亚种.历史动态分析结果表明,黑龙江种群在更新世晚期、末次盛冰期前经历了扩张.本研究揭示了红喉歌鸲黑龙江种群的遗传状况,可为制定合理的物种保护措施提供科学依据.
Journal Article