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"粪便"
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梅花鹿粪便中线粒体DNAD-loop区异质性的研究
线粒体DNA（mtDNA）的异质性（heteroplasmy）是多种不同序列的mtDNA拷贝共存于一个个体的现象，对线粒体、细胞和组织的机能产生明显的影响。粪便是野生动物研究中最易得的材料，含有动物肠上皮脱落的细胞及其DNA，其中的mtDNA异质性可以反映个体在各种因素影响下肠上皮细胞DNA的稳定性，为揭示个体的适合度、生态对策等提供新的线索。梅花鹿（Cervus nippon）是森林生态系统中的关键物种，其肠上皮中mtDNA异质性的特点尚未见报道。本研究用27只6～96月龄的圈养梅花鹿粪便样本，采用PCR扩增子高通量测序技术，对mtDNA D-loop区的异质性进行定量分析。结果显示：D-loop区广泛分布着异质性位点，但相对集中于第175～368位碱基的高变区（HyperHPR），而第597～687位碱基区间则较少发生，为保守区（HypoHPR）。HyperHPR异质性突变的多样性（HDα）极显著高于HypoHPR（P < 0.001）。转换（TS）是主要碱基替换类型，其发生频率远高于颠换（TV）。HyperHPR中TS/TV平均为0.11，而HypoHPR平均为0.19，说明异质性突变在HypoHPR受到更强的选择性清除。无论是在D-loop区、HyperHPR与HypoHPR，雌雄个体之间异质性突变指标均无显著差异（D-loop区，
大熊猫粪便中线粒体基因库特点研究
为了解大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）肠道脱落细胞中线粒体DNA（mtDNA）的异质性特点及其与年龄的关系，以92只不同年龄的大熊猫粪便为材料，通过扩增子高通量测序研究非编码的D-loop区、编码rRNA的16S rRNA区以及编码蛋白质的ND1和ND2区的异质性。结果显示：D-loop区存在3个异质性热点区段，突变碱基的数量远远高于其他3个编码区；D-loop区TS/TV小于16S rRNA和ND两个编码区，表明后两者较D-loop区受到更强烈的纯化选择；ND区第3位密码子的突变频率显著高于前两位，选择压力最低。此外，16SA3、ND1A6和ND2A7三个编码区的异质性可能与年龄相关。上述结果表明，大熊猫粪便DNA的异质性突变构成了一个多样性较高的线粒体基因库，突变在组织细胞水平上受到自然选择的作用。该线粒体基因库为揭示动物适应性进化机制、个体对环境的适应方式、个体适合度和动物与肠道微生物及环境的关系等提供一个全新的角度，也可能成为有潜力的大熊猫个体年龄预测标记。
Journal Article
基于微卫星标记的藏原羚遗传多样性及亲缘关系分析
遗传多样性和亲缘关系的研究对于野生动物种群的健康维持和长久繁衍具有重要意义。为评估三江源国家公园长江源园区藏原羚（Procapra picticaudata）种群的遗传多样性，本研究共采集24个藏原羚集群的149份新鲜粪便样本，利用MB066、HDZ8、HDZ496等8个微卫星位点进行基因分型，最终识别出105个藏原羚个体，并利用性别鉴定引物确定其中有雌性77只，雄性28只。结果表明：8个微卫星位点的平均等位基因数为21.125，平均多态信息含量（PIC）为0.708，观测杂合度（Ho）为0.219~0.914，平均值为0.645；期望杂合度（He）为0.265~0.937，平均值为0.724，显示该种群处于较高的遗传多样性水平。然而，近交系数为0.103，表明种群中存在杂合子缺失的情况，暗示有近交风险的存在。此外，亲缘关系分析共鉴定出36对亲子关系，涉及57个个体。这些亲子对多数出现在同一集群内，且以母女关系为主（占62.5%），而与雄性相关的亲子对（母子/父女/父子）仅占37.5%。研究结果为长江源园区藏原羚种群的遗传多样性评估和亲缘关系分析提供了新的视角和数据支持，对于制定有效的藏原羚保护策略和措施具有重要参考价值。
Journal Article
大熊猫粪便皮质醇激素分布与取样对策
粪便皮质醇激素对衡量动物应激强度具有较好的指示作用,但其检测准确性受诸多因素影响。为了评估不同取样方式对大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)粪便皮质醇测定产生的影响,将粪便横向纵向四等分分割,采用冻干研筛法与酶联免疫吸附法(ELISA)处理每部分粪便和测定激素含量,旨在分析粪便激素分布情况以进一步探讨取样对策。结果显示:每部分粪便的皮质醇含量无显著差异(df=3,F=0.033,P=0.992),粪便在四等分处理下的激素分布比较均匀,即每部分粪便激素均能在一定程度上代表整体水平。1/2取样所产生的变异系数小于1/4取样,前者的检测准确性更高。粪便湿重与尺寸大小存在显著正相关性(r=0.897,P<0.001),线性回归方程为y=2.3x-29.3(y为粪便湿重,x为粪便大小,R2=0.804,F=418.846,P<0.001)。粪便干重由粪便类型、尺寸和含水率决定。在野外工作中,建议采用纵向1/2的取样对策。
Journal Article
分子粪便学在野生动物食性研究中的应用
探讨分子粪便学在食性分析中的常用技术，概述了各项技术的概念、操作方法和最新进展。结果表明：分子粪便学方法在国外的动物食性研究中应用较多，与传统食性研究方法相比，利用植物DNA进行测序得到的结果更快速、更高效，并可降低动物消化率对结果的影响。建议研究者可以通过结合当地植被情况建立植物DNA条形码数据库对结果进行修正，对于近缘种植物可以采用特异性引物进行区分。
Journal Article
基于微卫星标记的藏原羚遗传多样性及亲缘关系分析
遗传多样性和亲缘关系的研究对于野生动物种群的健康维持和长久繁衍具有重要意义。为评估三江源国家公园长江源园区藏原羚（Procapra picticaudata）种群的遗传多样性，共采集24个藏原羚集群的149份新鲜粪便样本，利用MB066、HDZ8和HDZ496等8个微卫星位点进行基因分型，最终识别出105个藏原羚个体，并利用性别鉴定引物确定其中有雌性77只，雄性28只。结果表明：8个微卫星位点的平均等位基因数为21.125，平均多态信息含量（PIC）为0.708，观测杂合度（Ho）为0.219~0.914，平均值为0.645；期望杂合度（He）为0.265~0.937，平均值为0.724，显示该种群处于较高的遗传多样性水平。然而，近交系数为0.103，表明种群中存在杂合子缺失的情况，暗示有近交风险的存在。此外，亲缘关系分析共鉴定出36对亲子关系，涉及57只个体。这些亲子对多数出现在同一集群内，且以母女关系为主（占62.5%），而与雄性相关的亲子对（母子/父女/父子）仅占37.5%。研究结果为长江源园区藏原羚种群的遗传多样性评估和亲缘关系分析提供了新的视角和数据支持，对于制定有效的藏原羚保护策略和措施具有重要参考价值。
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虎粪便类固醇激素检测及影响因素的评估
粪便中类固醇激素的水平对动物的繁殖情况具有明确的指示意义。对于虎这一大型食肉动物,利用粪便激素水平来监测其繁殖状态是最为便捷的方式。但是,如果粪便中类固醇激素分布不均匀,不同性状的粪便和不同时间采集的粪便激素含量存在差异,那么在采样时就必须考虑这些因素。本研究用酶联免疫吸附检测法检测了雌性东北虎(Panthera tigris altaica)和华南虎(P.t.amoyensis)粪便中雌二醇、睾酮和孕酮这3种类固醇激素的水平,系统比较粪便表层、中层和中心的差异,不同采集时间所测得激素含量的差异,以及干燥和黏稠粪便中含量的差异。结果显示,睾酮、雌二醇和孕酮在表层、中层和中心各部分的含量无显著差异。在上午排出的粪便中孕酮的含量显著高于下午所排的粪便,而雌二醇和睾酮没有检测到显著差异。同一个粪团上较干燥部位和黏稠无定型的部位之间,3种激素的含量均没有显著差异。上述结果表明,采集虎的粪便时,可以不考虑粪便性状,除了分析孕酮之外,分析其他激素不需要考虑粪便排出的时间。在激素含量测定时,将整个粪便进行均质后再随机取样虽然不是必要的,但均质化仍有助于降低抽样引起的数据变差。
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基于微卫星的大熊猫群体遗传多样性分析及亲子鉴定
为了探究秦岭大熊猫（Ailuropoda melanoleuca qinlingensis）圈养种群的遗传多样性和亲子关系，指导其科学繁育，本研究建立了一套优化的技术体系。利用筛选出的9个高分辨率微卫星位点（以四碱基重复为主）进行PCR扩增与毛细管电泳分型，并对32只个体进行遗传多样性分析。结果显示：通过均质化与热孵育预处理，显著提升了粪便样本中宿主基因组DNA的得率与质量。秦岭大熊猫群体Ho为0.281 ~0.938，平均为0.596，He为0.391 ~ 0.793，平均为0.560， Ho > He，说明基因杂合度水平高；多态信息含量（PIC）为0.351 ~ 0.747，平均为0.499，其中3个位点为高度多态性，其余为中度多态性，群体遗传多样性高。亲子关系鉴定结果显示，利用9对微卫星引物组合在双亲未知时单亲累积排除概率（CE-1P）达0.999 999，双亲之一已知时单亲累积排除概率（CE-2P）达0.999 978，双亲未知时亲本对累积排除概率（CE-PP）达0.999 088。基于上述方法及PopGen32与iTOL的遗传距离聚类分析，成功明确了5只子代的父本来源。研究结果为完善大熊猫遗传谱系、防止近交衰退及制定科学配种方案提供了可靠的技术支持和关键数据。
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大熊猫粪便中线粒体基因库特点研究
为了解大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）肠道脱落细胞中线粒体DNA（mtDNA）的异质性特点及其与年龄的关系，以92只不同年龄的大熊猫粪便为材料，通过扩增子高通量测序研究非编码的D-loop区、编码rRNA的16S rRNA区以及编码蛋白质的ND1和ND2区的异质性。结果显示：D-loop区存在3个异质性热点区段，突变碱基的数量远远高于其他3个编码区；D-loop区TS/TV小于16S rRNA和ND两个编码区，表明后两者较D-loop区受到更强烈的纯化选择；ND区第3位密码子的突变频率显著高于前两位，选择压力最低。此外，16SA3、ND1A6和ND2A7三个编码区的异质性可能与年龄相关。上述结果表明，大熊猫粪便DNA的异质性突变构成了一个多样性较高的线粒体基因库，突变在组织细胞水平上受到自然选择的作用。该线粒体基因库为揭示动物适应性进化机制、个体对环境的适应方式、个体适合度和动物与肠道微生物及环境的关系等提供一个全新的角度，也可能成为有潜力的大熊猫个体年龄预测标记。
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石首地区野生麋鹿自然保护区重要病原菌(虫)调查
为了调查石首麋鹿自然保护区内重要病原菌和寄生虫的感染情况,通过麋鹿粪便和脏器进行细菌分离培养及16S rRNA PCR等方法对病原菌进行鉴定; 通过饱和食盐水漂浮法和沉淀聚集法对麋鹿粪便中的寄生虫卵进行检测。结果显示:从麋鹿粪便及病死麋鹿病料中共分离出8种菌,其中粪肠球菌、乳酸杆菌、大肠杆菌为肠道正常菌群,嗜水气单胞菌为条件致病菌,而志贺杆菌、蜡样芽孢杆菌、产气荚膜梭菌和链球菌均为重要病原菌,可导致麋鹿腹泻、败血症甚至引起死亡。从麋鹿粪便中共检测出3种虫卵,分别为前后盘吸虫卵、贝氏莫尼茨绦虫卵和血矛线虫卵。结论:石首地区存在的致病微生物种类较为复杂,病原菌主要导致麋鹿腹泻,寄生虫感染存在明显的季节性。
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