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"聚合酶链反应"
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Identification of candidate piRNAs in the gonads of Parafichthys ofivaceus (Japanese flounder)
by
Chun-Lei WANG Zhi-Peng WANG Jia-Qi WANG Ming-You Li Xiao-Wu CHEN
in
Paralichthys
,
反转录聚合酶链反应
,
测序技术
2016
Piwi-interacting RNA (piRNA) plays an important role in the gonadal development and maintenance of Teleostei. In this study, piRNA libraries derived from the adult gonads of Japanese flounder (Paralichthys ofivaceus) were generated using next-generation sequencing technology. Using zebrafish piRNAs as a reference, 5 865 unique candidate piRNAs were identified; 289 candidate piRNA clusters (PRCs) were generated from the above piRNAs. Among the isolated candidate PRCs, a total of 38 ovary-specific, 45 ovary-bias, 24 testis-specific, and 131 testis-bias PRCs were found. The relative expression levels of seven PRCs were validated through quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction. The results of this study will help facilitate exploration of the development and maintenance of the phenotypic sex mechanism in P. olivaceus.
Journal Article
MiRNA-132上调脑源性神经营养因子表达抑制β-淀粉样蛋白诱导的神经元损伤研究
2016
研究背景脑源性神经营养因子(BDNF)在阿尔茨海默病(AD)发病机制中发挥重要作用,微小RNA-132(mi RNA-132)在神经元呈高表达,可以通过调控靶基因表达参与BDNF介导的神经发育过程。本研究旨在探讨阿尔茨海默病神经元模型中mi RNA-132与BDNF的调控关系和神经保护作用。方法 体外培养海马神经元72 h后慢病毒转染mi RNA-132,并于体外培养第7天以β-淀粉样蛋白(Aβ)处理制备阿尔茨海默病神经元模型;实时荧光定量聚合酶链反应观察对照组与AD组mi RNA-132表达差异以及不同处理组BDNF m RNA表达变化,噻唑蓝法观察不同处理方式对细胞活性的影响。结果(1)AD组海马神经元mi RNA-132(t=13.888,P=0.000)和BDNF m RNA(t=-12.274,P=0.000)表达水平均低于对照组。(2)原代培养的海马神经元经慢病毒转染后倒置相差荧光显微镜可见绿色荧光蛋白,对照组(t=16.135,P=0.000)和AD组(t=8.656,P=0.000)转染过表达mi RNA-132后均能上调BDNFm RNA表达。(3)AD组海马神经元活性降低(t=-6.023,P=0.000),AD组转染mi RNA-132后神经元活性增强(t=3.385,P=0.007),予以外源性BDNF共培养后神经元活性明显改善(t=3.672,P=0.004)。结论阿尔茨海默病神经元模型mi RNA-132和BDNF表达水平均下降,mi RNA-132可上调BDNF表达,提示mi RNA-132和BDNF对阿尔茨海默病神经元模型具有神经保护作用,有望为阿尔茨海默病诊断与治疗提供新的视角。
Journal Article
miRNA-29a在神经细胞的表达特征
2015
目的观察微小RNA(mi RNA)-29a在小鼠神经系统内的表达特征。方法实时定量聚合酶链反应检测经原代培养第3、7、15、21天星形胶质细胞、神经元和出生后相应时间点小鼠大脑皮质mi RNA-29a表达变化。结果随着小鼠生长发育,mi RNA-29a在神经系统内的表达逐渐增强,与体外原代培养第3天相比,第7、15、21天时神经元和星形胶质细胞mi RNA-29a相对表达量均升高(P〈0.05或P〈0.01);与饲养第3天小鼠相比,饲养第7、15、21天小鼠大脑皮质mi RNA-29a相对表达量亦升高(P〈0.05或P〈0.01);同一观察时间点星形胶质细胞mi RNA-29a相对表达量是神经元的20~40倍(P=0.000),而大脑皮质mi RNA-29a相对表达量仅为星形胶质细胞的1/3(P=0.000)。结论 mi RNA-29a在小鼠大脑皮质发育过程中呈现的高丰度特异性表达,主要表现为星形胶质细胞mi RNA-29a表达上调。
Journal Article
ALK阳性非小细胞肺癌的诊断
间变性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase, ALK)融合基因是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)的驱动基因,存在此基因表达的ALK阳性NSCLC已被认为是NSCLC的一种分子亚型,具有较独特的临床病理特征和预后,更为重要的是,ALK抑制剂对于此类晚期患者具有明显的疗效。因此,如何诊断此类患者便成为了病理诊断工作中相当重要的部分。目前ALK阳性NSCLC的诊断方法较为多样且各有优缺点,如何挑选最佳方法用于肺癌样本的常规诊断成为临床病理所关注的重点。国内外已有较多权威指南或共识推荐了诊断方法及其流程或相关标准。基于此,本文对ALK阳性NSCLC的诊断方法及特殊检测样本类型做一综述。
Journal Article
五味子甲素通过ATP结合盒转运子B1逆转胶质瘤干/祖细胞耐药性研究
目的 探讨五味子甲素对胶质瘤干/祖细胞耐药性的影响及作用机制.方法 自人胶质瘤细胞系SHG-44中分离培养胶质瘤干/祖细胞SHG-44s,予五味子甲素0、12.50、25.00和50.00 μmol/L联合长春新碱400、800和1200 nmol/L,细胞活性检测试剂盒CCK-8细胞毒性实验检测SHG-44s细胞增殖活性,罗丹明123染色检测SHG-44s细胞泵出药物能力,实时聚合酶链反应(PCR)和Western blotting法检测SHG-44s细胞ATP结合盒转运子B1(ABCB1)基因转录和翻译能力.结果 五味子甲素50 μmol/L即可抑制SHG-44s细胞增殖活性(P=0.001,0.001,0.039),剔除这一浓度后无论长春新碱浓度为400、800或1200 nmol/L,联合应用五味子甲素均可抑制SHG-44s细胞增殖活性(长春新碱400 nmol/L组:P=0.007,0.001;长春新碱800 nmol/L组:P=0.001,0.000;长春新碱1200 nmol/L组:P=0.000,0.000).倒置荧光显微镜观察,五味子甲素12.50 μmol/L组和25.00 μmol/L组SHG-44s细胞可见明显绿色荧光.流式细胞术显示,随着五味子甲素浓度的增加,SHG-44s细胞罗丹明123染色阳性细胞比例分别为10.40%、39.20%和45.20%.实时PCR法显示,五味子甲素12.50μmol/L组和25.00μmol/L组SHG-44s细胞ABCB1基因表达水平较0μmol/L组降低(P=0.027,0.006),尤以25.00μmol/L组显著(P=0.034).Western blotting法显示,随着五味子甲素浓度的增加,SHG-44s细胞P-糖蛋白表达水平下降.结论 五味子甲素通过抑制胶质瘤干/祖细胞表面已存在的ABCB1基因编码的P-糖蛋白泵出药物能力并降低ABCB1基因转录和翻译能力,逆转胶质瘤干/祖细胞耐药性.
Journal Article
基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测
目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌(310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中(标准法)100株肠道细菌(47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3~26、2~9、2~32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1~20、1~6、2~27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列(S1-1,S1-2,S1-3)和1条独特间隔序列(S2-1)。间隔序列比对结果显示,S1-1+S1-2+S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。
Journal Article
Cloning the Dmrtl and DmrtA2 genes of ayu (Plecoglossus altivelis) and mapping their expression in adult, larval, and embryonic stages
by
Jin-Hua WANG Liang MIAO Ming-Yun LI Xiao-Fei GUO Na PAN Ying-Ying CHEN Liang ZHAO
in
mRNA表达水平
,
基因家族
,
定量RT-PCR
2014
The Dmrt family of genes are involved in sex differentiation in different species of invertebrates, and some vertebrates including human. In this study, we cloned the full-length eDNA of ayu (Plecoglossus altivelis) Draft1 and DmrtA2. Sequence and phylogenetic tree analyses showed ayu Dmrtl showed highest similarity to that of Oncorhynchus mykiss while ayu DmrtA2 is most similar to that of Oryzias latipes. Fluorescence-based quantitative reverse transcription PCR (qRT-PCR) revealed the Draft1 was predominantly expressed in the testis. At the larval stages, Dmrtl mRNA expression level was highest during 52-64 days post hatching (dph) and at the gastrula stage during embryonic development. DmrtA2, meanwhile, was specifically expressed in the ovary and was highly expressed in the female brain tissue, but not male brain tissue. During the larval stages, DmrtA2 expression remained high before day 34, and then fluctuated while generally decreasing. During embryonic development, DmrtA2 expression increased gradually
Journal Article
Ad36感染对维吾尔族肥胖患者progranulin 表达的调节作用
2015
目的:探讨腺病毒36型(Ad36)感染对维吾尔族肥胖患者颗粒蛋白前体(progranulin)表达的调节作用。方法根据肥胖诊断标准将维吾尔族人群样本分为肥胖组(115)与非肥胖组(117),收集血清标本232份,脂肪标本102份。血清中和反应法检测样本血清中的 Ad36抗体。采用实时荧光定量 PCR(real time quantitative-PCR)方法检测研究对象大网膜和皮下的脂肪组织 progranulin 的 mRNA 表达水平,利用酶联免疫吸附实验(ELISA)测定血清progranulin 的蛋白表达水平。免疫组化方法检测脂肪组织巨噬细胞 CD68蛋白表达,了解巨噬细胞浸润情况。结果①肥胖患者 Ad36感染率(54/115,47.0%)明显高于非肥胖者(38/117,32.5%),差异有统计学意义(P <0.05)。②Ad36感染的肥胖组血清 progranulin 的 蛋 白 表达水平 (408.45±156.92)显著高于非肥胖组(326.11±158.60),差异有统计学意义(P <0.05);两组的腹部大网膜、皮下脂肪组织 progranulin mRNA 表达水平差异无统计学意义(P 均>0.05)。③Ad36感染的肥胖组巨噬细胞浸润(14730.16±2227.39)明显高于非肥胖组(10786.50±2772.80),差异有统计学意义(P <0.05)。结论Ad36感染可能与维吾尔族肥胖发生有关,其机制可能为通过调节血清 progranulin 的蛋白表达水平而实现。
Journal Article
中枢神经系统感染性疾病脑脊液检查的临床应用
目前,对于中枢神经系统感染性疾病的诊断仍需依赖脑脊液检查结果,尤其是病原微生物的检查结果。不同炎症反应(包括细菌性、病毒性、肉芽肿性)脑脊液成分特点不同。一般病原微生物培养最具特异性但敏感性较低,实际上,大多数病毒、寄生虫、真菌和慢性细菌性中枢神经系统感染其脑脊液培养常为阴性。血清病原抗体阳性仅能证明体内存在病原微生物感染,唯有脑脊液检出病原抗体才表明存在中枢神经系统感染性免疫反应。脑脊液聚合酶链反应(PCR)检测病原微生物的敏感性和特异性较高,优于病原微生物培养和血清学检测,但是受到专业技术要求高和检测费用昂贵的限制而不能在临床推广应用。而且PCR检测敏感性极高,容易出现假阳性结果。
Journal Article
两种实时定量RT—PCR方法检测miRNAs表达的技术分析
2013
目的比较两种实时定量反转录聚合酶链反应(RT—qPCR)方法检测microRNAs(miRNAs)表达含量的技术差异,优化不同实验目的和条件下研究miRNAs表达的技术方法。方法取21d和42d两个时间点的SD大鼠关节软骨组织,采用Trizol法提取总RNA备用。选取rnomiR-15b、rno—miR16、rrlo—miR195、rnomiR-497作为研究对象,分别用茎环引物和试剂公司提供的试剂盒方法反转录总RNA,并应用实时定量PCR方法检测这些miRNAs的表达量。提取人血浆中总RNA,用上述两种RT—qPCR方法实时定量检测has—miR16的表达量。结果两种方法检测这些miRNAs表达量,在大鼠21d和42d这两个时间点其表达量变化趋势相同,都呈现增高的趋势,这与我们前期Solexa序结果相同。在血浆中的结果显示,其中茎环引物反转录方法灵敏度相对较高。结论茎环引物法在少量几个重要的miRNAs检测中具有优势,而试剂盒方法适用于大量miRNAs的筛查。
Journal Article